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一箇所に集めたい

レーダー解析雨量みたいに,年の下に月,月の下に日,日のなかにたくさんファイルがある,なんてことがあります. ここでまずファイルをあるフォルダに集めてそのフォルダ内をすべて処理するか,それともそのままで順番にフォルダのなかをみていくか,どちら…